После небольшого рестайлинга в 1998 году, Фабия стала больше похожа на своих собратьев по семейству VW/AUDI, но случился кризис и ввоз автомобилей прекратился.

В этом же году у российских дилеров Skoda (Петербург, Москва)появляется новый автомобиль — Skoda Octavia, начало выпуска которых было в 1997 году. Шкода Октавия была построена на базе VW Golf 4, от которого были взяты подвеска, трансмиссия, двигатели, и только кузов был абсолютно новой разработкой. Модельный ряд был представлен бензиновыми двигателями с объемом от 1,6 л до 1,8 л, дизельными двигателями, а под заказ автомобили оснащались АКПП. Октавия стала лидером в своем сегменте благодаря кузову «седанистый хэтчбек», огромному багажнику и достаточно невысокой цене. В 2001 году Октавия была немного видоизменена: поменялись бамперы, установлены современные фары, фонари, некоторые мелкие элементы.

В 2000 году линейка Skoda была расширена созданием новой модели — Skoda Fabia. Этот автомобиль также был построен на платформе VW, теперь был взят за основу VW Polo. Двигатели в первые годы устанавливались чешского производства (от Фелиции), однако позже автомобиль комплектовался исключительно немецкими движками, широкий модельный ряд которых был представлен от бензинового 1,0 л до дизельного 1,9 л.

В 2005 году Фабия была подвержена небольшому рестайлингу, а в 2007 году на рынок вышла новая Skoda Fabia и созданная на ее базе как семейный автомобиль — Skoda Roomster «двух зонной» компоновки.

В 2002 году с конвейеров Skoda сходит бизнес-седан Skoda Superb. На российском рынке эта модель не получила особого признания, поскольку при невысокой для бизнес-класса цене, Superb не смог составить достойную в глазах россиян конкуренцию Мерседесам, БМВ и АУДИ исключительно по причине российского менталитета: эмблема на решетке радиатора не соответствовала представлениям о престиже.

2008 год стал для Skoda в России знаковым: открыт завод по производству Skoda в Калуге, что увеличило продажи марки Шкода (Санкт-Петербург) за всю историю бренда в России.